Ciao,
Se ho capito bene, tu chiedi se sia possibile "iniettare" dipendenze che non si trovino nella stessa cartella dell'applicazione, modulo, controller o servizio che lo importa.
Se è così, questo avviene normalmente in AngularJS in quanto il meccanismo di iniezione non si basa sulla posizione fisica della dipendenza ma sul fatto che questa sia stata importata nella pagina con un tag <script>. Una volta importata la dipendenza con il tag <script>, pui riferirti ad essa semplicemente usandone il nome, non un path.
Spero sia questa la risposta che cercavi.