Nella chiamata alla funzione che usi per plottare il grafico (es. plot, surf, patch, ...) devi specificare l'handle dell'axes desiderato.
Se hai costruito la GUI con il tool Guide, il nome dell'handle è identificato dap parametro "tag".
Per esempio, se i due axes hanno, come handle, rispettivamente, "axes_1" e "axes_2", per effettuare il plot nel primo axes:
plot(handles.axes_1,x,y)