La struttura non ha importanza ... qui tu non sai fare l'input di una stringa C che è una cosa più "di base" ...
Comunque, il controllo del codice non è "immediato", non lo fai con una linea di codice.
Devi tenere sempre il conto di quanti elementi della struttura hai già inserito in una variabile.
Dopo l'input del nuovo codice (che puoi fare in una stringa temporanea), esegui un ciclo for per confrontare il valore dell'input con ogni codice di ogni elemento della struttura.
Se durante il ciclo for il confronto viene soddisfatto (il confronto tra stringhe lo fai con la if e la funzione strcmp), allora vuol dire che il codice già c'è e lo dici all'utente per ripetere l'input.
Altrimenti accetti l'input copiando con la strcpy il nuovo codice nel prossimo elemento della struttura e aggiorni il contatore.