Non so cosa stai facendo con tutte ste variabili ma ci sono degli errori nel tuo listato.
Controlla riga 14, riga 18, riga 29.
Nella riga 35 stai aprendo lo stesso file già aperto in precendenza nella riga 20.
Ecco un esempio della lettura. Io non so cosa stai cercando di fare con tutti quei file aperti.
#include<stdio.h>
#include <stdlib.h>
int main()
{
FILE *input1 = NULL;
FILE *input2 = NULL;
int a = 0;
int b = 0;
char var[100];
if((input1 = fopen("C:\a.txt","r")) != NULL)
{
fgets(var,100,input1);
fclose(input1);
a = atoi(var);
}
if((input2 = fopen("C:\b.txt","r")) != NULL)
{
fgets(var,100,input2);
fclose(input2);
b = atoi(var);
}
printf("risultato %d", a - b);
}