Hai due opzioni "semplici", una è usare fstream e una stdio.h.
Con fstream fai qualcosa di questo tipo:
qualunquetipo matrice[W][H];
fstream file("nomedeltuofile",ios::write);
if(!file)
return 1; //file non aperto
for(int i = 0; i < W; i++)
for(int j = 0; j < H; j++)
file << matrice[i][j];
file.close();
mentre con stdio.h:
qualunquetipo matrice[W][H];
FILE *fp = fopen("nomedeltuofile", "w");
if(!fp)
return 1; //file non aperto
fwrite(matrice, sizeof(qualunquetipo), W * H, fp);
fclose(fp);
EDIT: se invece vuoi un output testuale usa
fprintf