Puoi utilizzare il "Compare files" che però devi prima attivare seguendo il percorso:
File->Opzioni->Componenti aggiuntivi.
Seleziona "Componenti aggiuntivi", "quindi Vai"
Assicurati che sia selezionata la voce "Inquire Add-In".
Fatto ciò, ti troverai la voce "Inquire" aggiunta al menù di Excel.
Poi, cliccando su "Compare files", ti resta solo da indicare i due files Excel da confrontare e il componente ti mostrerà le differenze tra le celle.
Tieni presente che il confronto è possibile a condizione che i due sheets siano aperti e su due files diversi.