Se intendi cambiare libreria, ce ne sono diverse di alternative:
Apache Mina SSHD:
E' scritta e manutenuta dalla Apache, quindi è costantemente aggiornata e, di solito, è sempre roba robusta ed efficiente. E' una libreria che permette di gestire i protocolli SSH e SFTP. Al solito, quando si ha a che fare con questo tipo di protocolli non è semplicissimo fornire alti livelli di astrazione mantenendo robustezza e efficienza, quindi la libreria ha una API un po' verbosa.
SSHJ di hierynomus:
Anche questa è una libreria che viene mantenuta aggiornata. L'API dovrebbe essere un pochino meno verbosa rispetto a quella di Apache. Essendo aggiornata supporta nativamente chiavi SSH moderne.
Apache Commons VFS:
Secondo me questa dovrebbe fare al caso tuo: è una libreria che fornisce un'API comune per l'accesso a file system locali, remoti (SFTP, FTP, HTTP) e compressi ZIP. Si porta dietro, ovviamente, delle librerie apposite per i vari tipi di accesso, ma astrae il tutto conformandolo ad un'unica API. E' sempre di Apache Software, quindi garanzia di affidabilità e robustezza.
Tengo a precisare che non ho mai usato nessuna di quelle di Apache, ma fossi in te le terrei in considerazione e farei qualche prova.