Ho capito l'errore, non avevo il jdk installato e avevo un errore nella patch che puntava al jre e ora che l'ho installato, ho corretto la path riesco a creare il .class con javac NativeDemo.java ma continuo ad avere problemi con la creazione del file .h. Infatti la riga di comando javah -jni NativeDemo mi da questo errore:
Error: Could not find class file for 'NativeDemo'