Su quasi tutte le distribuzioni Linux hai mysql e postgresql preinstallati o facilmente installabili dal tool di installazione (Add/Remove Software)
Personalmente to consigli mysql. Postgresql e' un po' piu' complicato da configurare.
Per quanto riguarda file ad indici, sono generalmente piu' efficienti, non richiedono installazione perche' sono gestiti da una libreria che devi lincare alla tua applicazione, ma sono estremamente meno flessibili.
Dipende da che tipo di informazioni e che tipo di operazioni ci devi fare.
Senza queste informazioni, come si suol dire senza sapere ne leggere ne scrivere, l'uso di un DB e' sempre consigliabile.