Premetto che non ho un'esperienza diretta con la Carta Regionale ma visto che nessuno ti ha ancora risposto mi permetto di dare le mie dritte. Per leggere la carta ti serve un lettore di chip card a meno che non ti accontenti di leggere la banda magnetica (strisciata) per la quale ti basta un lettore di badge: entrambi si collegano in usb ma mentre per il primo devi accedere tramite API per il secondo caso probabilmente il dispositivo ti verrà visto come una tastiera.
Per la lettura del badge quindi ti potrebbe bastare far posizionare l'utente sul "campo" di input (naturalmente dovrai prevedere che venga inserita una stringa lunga che contiene anche il codice fiscale...).
Per accedere alla smartcard devi usare invece delle API, vedi questa discussione
http://stackoverflow.com/questions/2819203/accessing-smart-card-with-java tenendo presente la struttura della specifica carta (io ho trovato queste info )
Buon lavoro!