Ciao ziozoid!
Come manuali ce ne sono alcuni scaricabili gratuitamente in rete, come questo o questo . Comunque anche se lo hai scartato, credo che "Thinking in Java" sia uno dei più validi, in quanto viene adottato anche in molti corsi universitari.
Per quanto riguarda l'editor di sviluppo posso dirti per esperienza personale che specialmente agli inizi ti conviene usare un semplice editor testuale (notepad va benissimo, però cose come JEdit o Notepad++ possono aiutarti per quanto riguarda l'indentazione automatica o la colorazione del testo) per poi passare a un IDE come Eclipse o NetBeans più avanti. Il motivo è molto semplice: gli IDE sono comodissimi ma creano molto codice in automatico e rendono automatiche fasi importanti come la compilazione e l'esecuzione (che altrimenti vanno fatte da linea di comando) mentre credo che "sbatterci la testa" possa essere molto utile nelle fasi iniziali!