Aspetta, forse ti stai confondendo... quello che ti ho scritto sopra vale per l'editor.
Nella barra in alto c'è l'icona con il foglio bianco per aprire un nuovo file.
Clicca sul quel pulsante, ti si apre una pagina bianca, scrivi lì, ad esempio:
a=2;
b=3;
c=a+b;
E' come se stessi scrivendo su word, le righe di codice rimangono lì, puoi salvarle e modificarle. Quindi, se vuoi, salva il file, chiamalo prova.m così potrai riprenderlo in un secondo momento.
ora evidenzia la prima riga e premi F9.
Dovresti veder comparire sulla destra nella finestrella che si chiama "workspace" la variabile a.
Poi fai la stessa cosa con le altre due righe, anche insieme, e dovresti veder comparire b e c.
Quella a cui ti riferisci tu è la command window che si trova in basso, che serve per scrivere il codice "al volo", come se stessi scrivendo nel prompt dei comandi: quello che scrivi viene lanciato nel momento in cui premi invio e non puoi salvare quello che scrivi per riaprirlo e lavorarci in un secondo momento. Tutto quello che lanci con l'F9 lo vedi comparire anche lì.
se aggiungi una riga (nell'editor):
disp('il valore di c è:',num2str(c));
dovresti veder comparire nella command window il valore di c.