Sicuramente devi passare per un formato intermedio, csv, txt, ecc, che è facile creare con matlab e dovrebbe essere altrettanto (o quasi) facile da leggere in un linguaggio di programmazione qualunque. Però non ti so dire come leggere il file in C#, ma se cerchi su internet dovresti trovarlo abbastanza semplicemente, se trovi come leggere altri formati va bene lo stesso, creerai un file diverso con matlab.