L'uso di variabili "global" è sconsigliato in MatLab (ed in altri linguaggi), in principio dovrebbe essere (quasi) sempre possibile organizzare il codice in modo che non siano necessarie; se, poi, come hai scritto, sono molte quelle che vuoi usare, allora credo sia proprio il caso di riconsiderare la struutura del codice che stai scrivendo.
Se il tuo codice è composto da "function" puoi passare le variabili tra loro come parametri di input (puoi raggruppare i valori in "struct", "array", "cellarray", ...), se utilizzi una serie di "script" considera che le variabili presenti nel Workspace sono "visibili" negli script senza bisogno di definirle "global".
Da ultimo, quando si passa da un linguaggio ad un altro, bisognerebbe resistere alla tentazione di ricercare / riprodurre in quello nuovo le "caratteristiche" di quello vecchio.
Ogni linguaggio ha le sue caratteristiche specifiche e queste vanno sfruttate.