Per l'msde dai un'occhiata qui:
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyId=BF253CFD-1EFC-4FC5-BA7E-6A6F21403495&displaylang=en.
Per il DB, puoi a mio avviso semplicemente creare la struttura (ad esempio con Access) e poi includerlo nel progetto di installazione.
Quando l'utente installa l'applicazione lo troverà nella directory da te specificata.
Ovviamente nel tuo programma dovrai tener conto che l'utente potrebbe aver cambiato il percorso prestabilito. Ma per questo ci sono delle classi che ti possono aiutare.
Ciao.
SuperCap
(Le risposte che lascio sono limitate alle mie conoscenze sull'argomento trattato. Quindi potrei anche sbagliare!)