Ciao, vedi che File Zilla è uno tra i migliori client FTP ed è pure gratuito.
E' più facile che sia il server ftp che usi a non essere proprio una cima.
Da Impostazioni-trasferimenti-> imposta trasferimenti massimi simultanei a 1 e prova a vedere se riesci a completare l'upload.
Tra l'altro File Zilla ti segnala quali file non è riuscito a uploadare e ti permette di rielaborare la coda.
(Hai utilizzato questa funzionalità?)