La domanda è molto generica, e la risposta non può che essere "dipende".
Fai attenzione che con mysql, per motivi storico che non sto ad elencare, i vincoli di integrità referenziale sono mooolto meno utilizzati di, ad esempio, SQL Server (sempre per motivi storici).
Se precisi più esattamente cosa, e perchè, vuoi fare potrei essere più preciso.