Python non si compila. E' un linguaggio interpretato.
Detto questo, dipende da come vuoi impostare il programma. Se con grafica o no. Se vuoi la grafica, devi vedere se le librerie che vuoi usare ci sono sia per Windows che per macOS, e se esiste il binding Python. Se usi le librerie grafiche standard di Python (TkInter) non ci dovrebbero essere problemi.
Qui un elenco di GUI di terze parti disponibili in Python. Se non ti serve la grafica, non dovrebbero esserci problemi. Sia che tu usi la grafica o no, devi stare attento quando devi scrivere su disco, dato che i nomi di file ed il filesystem sono diversi. Anche l'encoding dei caratteri potrebbe dare qualche problema.