Nella versione 5 del JDK, lo strumento "jarsigner" non ha l'opzione "sigalg", per cui è normale che ti esca quel messaggio. La soluzione è quindi aggiornare il tuo JDK a una versione più recente (o guardare se fra i file installati da Android Studio c'è anche jarsigner).
Comunque sì, per vedere la versione di Java il comando è "java -version"