Soluzione 1: chiedi a chi mantiene quel progetto di ristrutturarlo, andando ad inserire quelle classi in un package (a lui non cambia nulla, se non un briciolo di refactoring dove serve)
Soluzione 2: spostale tu dentro ad un package (con il refactoring dove serve)
Soluzione 3: crea un package come ti pare, fai una copia delle classi dentro a quella directory e modifica l'intestazione dei file in modo da rispecchiarne la struttura di package: ora puoi usare le classi dentro al tuyo package.
Se nessuna delle soluzioni sopra indicate è fattibile, allora non ti rimane che farti del male con la reflection:
// Supponendo che la tua classe si chiami "TuaClasse",
// che fornisca un metodo chiamato "tuoMetodo", che riceve come parametro
// un intero e che restituisca un Double
Class tuaClasse = Class.forName("TuaClasse");
Method tuoMetodo = tuaClasse.getMethod("tuoMetodo", Integer.class);
// Invoco il metodo passandogli il valore intero 5
Double retValue = (Double) tuoMetodo.invoke(tuaClasse.newInstance(), 5);
Ma, sinceramente, nei tuoi panni non vorrei trovarmi a gestire il tutto con la reflection.