Non è tanto javascript che permette di sovrapporre, tra loro, due immagini, ma piuttosto dipende da come le due immagini vengono salvate e poi utilizzate sul dispositivo.
La sovrapposizione di una immagine più piccola sopra un'altra più grande, nell'esempio fatto da te sopra, un Alert sopra un'immagine di base, si fà se l'immagine dell' Alert stesso viene salvato in formato .png con il colore di base trasparente.
In pratica:
passo 1) caricare in un punto dello schermo un'immagine di sfondo in formato .jpg (ad esempio un paesaggio).
passo 2) cliccare con il mouse sopra l'immagine di sfondo del paesaggio.
passo 3) rilevare il click del mouse con un evento, che effettuerà un salto al passo 4.
passo 4) visualizza sopra l'immagine di sfondo del paesaggio un'immagine di Alert in formato .png che è l'unico formato a disporre del colore zero (trasparenza).