Scusa ma ho avuto da fare e non mi sono più collegato a questo forum.
Non saprei, non conosco il tuo ambiente. Come usi Access?
Per esempio, nel caso più banale (ma sarebbe troppo bello per essere vero) se hai fatto semplicemente dei form e dei report in Access, e delle tabelle collegate che dialogano con MySQL, allora magari puoi semplicemente sostituire Access con OpenOffice (o LibreOffice, dipende più dai gusti che altro).
Se hai una web application che dialoga con Access che fa da ponte verso MySQL, questa dovrebbe migrare. Può essere un lavoro semplice come un lavoro complicato, questo dipende da quanto sono complessi l'applicazione e il database.
Se mischi le tabelle collegate con tabelle Access pure, dovrai anche spostare le tabelle Access su MySQL.
Se hai delle applicazioni di terze parti che usano Access, bisogna vedere se supportano MySQL.
Insomma: a seconda di come lavorate, bisogna vedere a cosa migrare, e se conviene procedere per step. Naturalmente alla fine avresti un sistema più affidabile.
Nota bene, anche migrando a SQL Server ed eliminando MySQL e Access avresti un sistema molto più affidabile, e la migrazione in sé sarebbe più facile, ma nel lungo termine spenderesti molto di più e ti legheresti a un singolo produttore (ms).