Dipende dal database che hai sotto.
in generale gli statement preparati servono per la sicurezza, non hanno nulla a che vedere con le transazioni, le quali hanno invece a che fare con la concorrenza.
se parlassimo di mysql ad esempio ti suggerisco di farti una "tua" gestione delle transazioni (funzioni ad hoc), senza appoggiarti a PDO, facendo attenzione anche al livello ACID pre-impostato (varia a seconda dell'engine, dell'ambiente etc).
sugli statement, a seconda della versione della libreria, e di mysql-mariadb, possono o no essere convertiti in "veri" statement dell'RDBMS, con pregi e difetti (in realtà la differenza è pressochè minima ed impercettibile in praticamente tutti i casi di carico non mostruosamente elevato)