Ciao,
Non fare confusione tra server e client. Il codice php viene interpretato lato server, ed il suo output reso al client sotto forma di una comune pagina html.
Lo spider di un motore di ricerca farà delle "comuni" richieste verso il sito ed indicizzerà quelle pagine che il server gli restituisce. I sorgenti php non solo non vengono indicizzati, ma non devono esserlo...
Per schematizzare supponi una richiesta di questo tipo:
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client: GET
http://tuosito/index.ph
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server: Prende index.php e lo invia all'interprete php (se era un html lo rendeva direttamente al client)
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interprete php: Legge index.php e comincia a formare una pagina html sulla base del codice in esso contenuto. Una volta fatto restituisce il risultato (chiamiamolo per chiarezza index.html) al server.
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server: Restituisce index.html al client.
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client: vede la sua bella paginetta.
Il codice <?php include(elenco_libri.php);?> è un comando per l'interprete, che concorre a formare la pagina di risposta che poi il server restituirà.
Ciaociao