Il TransparencyKey è un colore.
Tutto quello che ha quel colore diventa trasparente.
    Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
        Me.BackColor = Color.Gray
        Me.TransparencyKey = Color.Gray
        TextBox1.BackColor = Color.Gray
        TextBox2.BackColor = Color.Red ' non è trasparente
    End Sub