Ho risolto, in pratica era un problema di codifica, ho risolto mettendo la specifica della codifica sia in scrittura che in lettura dei file di testo. Il formato UFT8 mi dà problemi di compatibilità con alcune applicazioni, perciò l'ho forzato ad ANSI o Latin1. 
Imports System.IO
Public Class Form1
    Private Sub Button1_Click(sender As Object, e As EventArgs) Handles Button1.Click
        ' Leggi il contenuto dal file
        Dim testo = IO.File.ReadAllLines("I:\uff_tecnico\archiviogiov\Sorgenti_VB\Font_VBasic\File_testo\Importa_testo\confpwmill", System.Text.Encoding.Latin1)
        ' Creare una stringa contenente tutte le righe lette
        Dim tutteLeRighe As String = String.Join(Environment.NewLine, testo)
        ' Visualizza tutte le righe in una finestra di dialogo personalizzata
        MessageBox.Show(tutteLeRighe, "Righe lette", MessageBoxButtons.OK, MessageBoxIcon.Information)
        ' Scrivi il contenuto nella nuova posizione
        Try
            Dim percorsoNuovoFile As String = "I:\uff_tecnico\archiviogiov\Sorgenti_VB\Font_VBasic\File_testo\Importa_testo\confpwmill_new"
            ' Specifica la codifica di scrittura (ad esempio, UTF-8 o Unicode).
            Dim codifica As System.Text.Encoding = System.Text.Encoding.Latin1
            File.WriteAllText(percorsoNuovoFile, tutteLeRighe, codifica)
            MessageBox.Show("Contenuto salvato con successo nel file 'confpwmill_new'.", "Salvataggio completato", MessageBoxButtons.OK, MessageBoxIcon.Information)
        Catch ex As Exception
            MessageBox.Show("Errore durante il salvataggio del contenuto: " & ex.Message, "Errore", MessageBoxButtons.OK, MessageBoxIcon.Error)
        End Try
    End Sub
End Class
PS Si mette “risolto” in questo forum a una cosa risolta?