Va da se che la risposta è che se non li rendi "confrontabili" è inutile...
Per renderli legabili, devi avere una adeguata STRUTTURA Identificabile ed andare a FORZARE la formattazione affinchè siano adeguati, ma non serve modificarei dati originali, o meglio non è indispensabile.
Al fine di manipolazione dei dati non è necessario RELAZIONARE le 2 Tabelle e nemmeno ALTERARE i dati.
La soluzione potrebbe essere creare una Query per ogni Tabella all'interno della quale realizzi un Campo Calcolato al solo fine di poter definire un JOIN...
Esempio il C.F. è costituito da 16 caratteri, quindi potresti usare una formattazione che a prescindere dagli ZERI Iniziali ne forzi tanti quanti servono a colmare i 16Caratteri... questo renderà, dovrebbe rendere, i valori assimilabili.
Esempio pratico su Query:
SELECT *, FORMAT(CampoCF,"0000000000000000") AS NewCampoJOIN
FROM Tab1
Stessa cosa per la 2° Tabella, poi crei una 3° Query in cui metti in JOIN i campi NewCampoJOIN delle 2 Queries.
Non so poi se questo accrocchio sia sensato nel contesto...