Lascia perdere Bernardo ... La programmazione è una cosa seria ...

Se vuoi scrivere codice corretto devi porre l'azzeramento della variabile all'inizio dell'evento punteggio_Click prima delle If 

    Private Sub punteggio_Click(sender As System.Object, e As System.EventArgs) Handles punteggio.Click

        punti = 0
        ...
    End Sub
e nella riprova_Click queste tre semplici righe

    Private Sub riprova_Click(sender As System.Object, e As System.EventArgs) Handles riprova.Click
        For Each cb In Controls
            If TypeOf cb Is ComboBox Then cb.Text = Nothing
        Next
    End Sub